Vilamalla forma part, geogràficament parlant, d’aquesta franja intermediària entesa entre les terres grasses i fondes del litoral empordanès i les suaus ondulacions de cap a ponent conegudes amb el nom de terraprims.
No sabem si existia ja en l’època romana, encara que tant el seu nom com la seva situació ens inclinen a una resposta afirmativa. Però, de fet, no en tenim coneixement documentat fins a l’alta Edat Mitjana, concretament l’any 974 en què s’esmenta per primera vegada, i amb el nom de Villa Dalmalia, com a possessió del monestir de Sant Pere de Roda i dintre el petit estat feudal del comtat d’Empúries.
L’any 1698 Vilamalla era lloc reial de la batllia de Siurana.
Fou sempre un nucli reduït, que fins al segle XVIII no arribà mai al centenar d’habitants, no gaire diferent de la resta de nuclis rurals de la plana empordanesa. En l’esmentada centúria, però s’inicia un moviment demogràfic ascendent – de manera semblant al que té lloc a la resta de pobles de la comarca – que arriba al seu punt màxim a mitjan segle passat, pels voltants de 1860, en què assolí prop dels 350 habitants. Després d’una involució des d’aquella data fins a mitjans de la present centúria, als darrers anys actuals sembla haver iniciat, encara que modestament, una certa recuperació que ha portat la seva població a 375 habitants en el cens de 1980.